De forma paralela al entramado judicial de la monarquía hispánica, la iglesia católica desarrolló una propia red judicial con el objetivo inicial de perseguir la hetodoxia religiosa. La estructura organizativa de la
Inquisición tenía en el llamado “familiar” una pieza fundamental. El familiar
del Santo Oficio se encargaba, más que de funciones directas de espionaje para
perseguir la herejía -como reitera Lorena Ortega Gómez en su tesis doctoral-, de ser el agente de
dicha institución en las ciudades y enclaves rurales, recogiendo las primeras
declaraciones, con la ayuda de un notario y con la supervisión de un comisario,
de los denunciantes contra los sospechosos de contravenir la ortodoxia católica. También
se encargaba del secuestro de los bienes del encausado, con la ayuda de un
alguacil, y en ocasiones de acompañar a la víctima hasta el tribunal
eclesiástico. En el caso de El Toboso, el proceso se continuaba en el tribunal inquisitorial
de Cuenca. En el Archivo Diocesano de Cuenca se conservan numerosos expedientes
relacionados con dicha villa -acusaciones de haber judaizado en el pasado, de ser falsos conversos, brujería, blasfemias, herejías...-, que pasó de tener cuatro familiares en 1560 a siete en
1641 y solo uno en 1706, cuando la población ya se había reducido a la mitad y la institución estaba en plena decadencia. La familiatura del Santo Oficio fue un cargo muy
atractivo, especialmente por la protección jurisdiccional que proporcionaba, y
también por ciertos privilegios sociales que llevaba asociada, así como el
privilegio de portar armas, la limpieza de sangre que se consideraba implícita,
la exención de alojamiento de la tropa cuando pasaba por la población, prerrogativas
que les asimilaba a la nobleza. Ser familiar de la Inquisición suponía
elevarse un escalón sobre el resto de los vecinos y consolidar y proyectar el ansiado
ascenso social. Los familiares inquisitoriales articulaban una red de delaciones y sospechas que llenaba de temor a toda la población. Las actuaciones concretas de estos familiares, en ocasiones
entraba en conflicto con la jurisdicción ordinaria, siendo muy confusa la línea
de demarcación entre la adscripción a la jurisdicción inquisitorial y la común.
Por un breve documento del Archivo Diocesano de Cuenca tenemos conocimiento de un suceso ocurrido en 1585 en el que se vieron envueltos dos familiares del Santo Oficio, el doctorEsteban Zarco de Morales, Pedro de Morales Botija y el hijo del primero, Flaminio, en el que tuvo que intervenir el gobernador del partido de Quintanar de la Orden. Esteban Zarco de Morales mandó colocar "una piedra para asiento" de su mujer junto a la sepultura familiar en la iglesia parroquial de El Toboso al lado de la llamada puerta chica, situada al norte, pero su primo Pedro de Morales la mandó quitar por considerar que ocultaba otra de su familia. Esteban Zarco volvió a colocarla provocando la ira de Pedro, que la emprendió a espadazos con Flaminio, el hijo de Esteban, en la propia iglesia. De resultas, Pedro acabó herido y denunció criminalmente al padre, responsable por ser menor su hijo. Esteban Zarco fue encarcelado en la cárcel del concejo por orden del gobernador del partido judicial de Quintanar, que era la instancia competente, pero consiguió convencer al alguacil municipal y huir a Cuenca para intentar acogerse a la jurisdicción inquisitorial. Solicitó la inhibición de la jurisdicción ordinaria en favor de la inquisitorial. A pesar de las resistencias del gobernador del partido de Quintanar de la Orden Núñez de Chaves, Esteban Zarco consiguió el amparo inquisitorial. Pero las discrepancias no acabaron allí porque hubo una intensa controversia epistolar entre los inquisidores y el gobernador de Quintanar sobre a quién competía juzgar al alguacil y carcelero Alexo Martínez Zarco. Sorprendentemente, Pedro de Morales retiró la acusación contra su primo Esteban. Al no haber acusación, los inquisidores decretaron la libertad del doctor Esteban Zarco, pero no se olvidó de su libertador, el alguacil de El Toboso, e intercedió por él ante los inquisidores. Éstos presionaron de nuevo al gobernador de Quintanar, que consideraba razonablemente que el alguacil no era familiar del Santo Oficio y por lo tanto no le correspondía el privilegio inquisitorial. Los inquisidores incluso amenazaron al gobernador y consiguieron hacer prevalecer la jurisdicción inquisitorial sobre la ordinaria y el alguacil acabó siendo juzgado por el tribunal del Santo Oficio, mucho más benévolo, en un caso de amparo a un familiar inquisitorial. Es un claro ejemplo de cómo el Santo Oficio extendía su poder sobre toda la sociedad de la época, usurpando funciones que correspondían a la administración de justicia del rey.